Uma comissão extraordinária sob a presidência de D. Luciano Cabral Duarte, arcebispo metropolitano de Aracaju (hoje emérito) e integrada por D. José Palmeira Lessa, bispo de Propriá (hoje emérito) e por D. Hildebrando Mendes Costa, bispo de Estância (hoje emérito), juntamente com o Côn. Raimundo Cruz e o Pe. Carlos Alberto dos Santos, ambos incardinados à Mitra Diocesana de Aracaju, após diversos estudos sobre a estrutura, local e formação, decidiu no dia 7 de outubro de 1994 pela fundação do seminário Maior e que este seria dedicado e confiado à Nossa Senhora da Conceição.
Sua primeira instalação foi feita no Convento S. Francisco de Assis, na quarta cidade mais velha do Brasil, a belíssima São Cristóvão, sendo atribuída ao Pe. Carlos Alberto a incumbência de ser seu primeiro Reitor. Na festa de Nossa Senhora de Lourdes tiveram início as atividades do então Seminário Maior Nossa Senhora da Conceição, quando foi celebrada uma missa festiva de inauguração, presidida pelo Arcebispo Dom Luciano Cabral Duarte e concelebrada pelos demais bispos da Província Eclesiástica de Aracaju, Dom José Palmeira Lessa, Dom Hildebrando Mendes Costa e D. João Maria Messe, Bispo auxiliar de Aracaju. Neste dia 11 de fevereiro de 1995, o ambiente, apesar de ainda bastante provisório e pequeno, estava igualmente harmonioso e bem cuidado para a recepção dos seus futuros moradores. Sem demora, o primeiro ano letivo tem início no dia primeiro de março do mesmo ano; nessa ocasião, foi implantado o primeiro período do curso de filosofia, com o ingresso de nove jovens: Adeilton Santana Nogueira, Daniel Francisco de Souza, Francisco Luis de Barros Dantas, José Dácio dos Santos, Josiel Santos Mota, Manoel Bomfim Lima, Roadson Ramos Silva, Valdemir Vicente Andrade Santos, Milton Alves da Cruz Junior, que dessa forma entram para a história do seminário como os seus primeiros seminaristas.
A favor do seminário soprava a benignidade divina, e as vocações cresciam, até chegar ao ponto de as antigas instalações do centenário Convento S. Francisco de Assis não poderem mais comportar o número de seminaristas, obrigando a transferência para um prédio de maior capacidade. Nesse contexto o prédio do Seminário Propedêutico (Menor) oferecia rápida e melhor condição de abrigar os seminaristas maiores; assim, o Seminário de Filosofia passou a atender em Aracaju, desfrutando das margens do rio Sergipe e ocupando um dos mais velhos bairros da cidade. O Seminário Menor fora transferido para a área central de Aracaju permanecendo lá até que as condições permitissem regressar ao seu verdadeiro prédio.
Na gestão do segundo, Reitor Pe. Gilvan José de Carvalho, começa o período das grandes obras: foram construídos auditório, refeitório, biblioteca, dormitórios e sala de áudio-visual, além de uma reforma geral no prédio do antigo seminário propedêutico. Mas os tempos difíceis não tardam a chegar, Os alunos concluem a filosofia, e o seminário não tinha condições de prover a necessidade do ensino teológico; a situação se agravava com a chegada de mais seminaristas e novamente a estrutura estava se tornando pequena.
Nomeado Dom José Palmeira Lessa como Arcebispo Metropolitano de Aracaju, os seminaristas concludentes são espalhados por diversos seminários do país (Mariana – SP, Lorena-SP, São Luis-MA e Brasília), e alguns foram para Itália estudar no Colégio Pio Brasileiro. A Cúria Metropolitana tinha um novo pensamento que agora ajudava a crescer em busca de uma sede fixa para o Seminário Maior e restituir a residência ao Seminário Menor que por essa época também passára a ter problemas com o aumento de vocações e espaço físico já era exíguo. Em uma empreitada de altos riscos, a Mitra Diocesana de Aracaju assume o compromisso de construir, em tempo recorde, as definitivas instalações e a abertura do curso de Teologia no Estado para assim poder formar melhor seu próprio clero sem necessitar de auxílio de outras dioceses.
Com o fim do milênio, o ano de 2000 traz mudanças: no dia doze de fevereiro, Pe. Jadson da Silva Ramos assume a reitoria; compra do terreno no bairro Soledade (periferia de Aracaju) e inicia a construção das novas instalações. No ano seguinte é criado o curso de Teologia. Pelo período de dois semestres letivos, a família do Seminário Nossa Senhora da Conceição teve que se dividir: primeiro e segundo ano de Filosofia na sede provisória (Prédio do Seminário Menor) e o terceiro de Filosofia e primeiro de Teologia no ainda em construção prédio definitivo do Seminário Maior; um processo contínuo e sofrível, mas que trouxe riquezas e louros a nossa história. Em 2002, a família volta a unir-se, desta vez Filosofia e Teologia juntas no mesmo complexo acadêmico e residencial; e o Seminário Menor Sagrado Coração de Jesus volta a sua residência. Sem dúvida, um ano de gozo e novas descobertas: tudo era bom, o convívio, o prédio novo, apesar de ainda faltar a construção da capela, mas tudo ocorreu na paz de Deus.
No sexto dia do mês de fevereiro, é nomeado como reitor o Pe. Valtewan Correia Cruz, ele que, em oposto ao rei Davi irá ter a honra de construir e inaugurar em sua gestão o nosso templo. E no dia 8 de setembro de 2003 se dá a dedicação da capela Nossa Senhora da Conceição, sob a presidência do Arcebispo Dom José Palmeira Lessa, seu bispo auxiliar Dom Dulcênio Fontes de Matos conjuntamente com toda a equipe de formadores. O rito celebrativo teve inicio com a aspersão do altar, das paredes e portas, entrada solene do lecionário; o rito da palavra decorreu normalmente. Após a homilia, rezou-se o Credo e Cantou-se a Ladainha de Todos os Santos para que se dispusesse, sob o altar, a relíquia de Sâo João Maria Vianney. Em seguida, ungiu-se todo o altar com o óleo do Santo Crisma. Assim preparado o altar pôde-se começar os ritos eucarísticos, quando todos dignos de comunhão se serviram do Corpo Eucarístico e ao término da missa, receberam a bênção final. Está assim concluída a primeira etapa do complexo.
Aproveitando a visita do Núncio Apostólico Dom Lorenzo Baldisseri à arquidiocese de Aracaju, nosso Arcebispo teve a inspiração de convidá-lo para, o dia 28 de outubro de 2003 estar conosco na festa de inauguração da primeira etapa do seminário. E assim numa festa de bastante alegria, com cerca de dois mil fiéis a presentes se observou o empenho e oração de muitos que deram sua vida em prol de um sonho: realizar aqui mesmo, em nosso estado, a formação do clero sem precisar da distância, que tanto afligia vocações, familiares e a própria formação. Uma formação consciente e mais próxima do povo de Deus na Província Eclesiástica de Aracaju.